Pues yo creo que está bastante claro, si el producto está comprado en una tienda (física o no) española, te dicen que cubren la garantía.
Lo que tienes que hacer es que en la factura (que es la garantía) consten los datos de la empresa y sobre todo su CIF.

Aunque del correo se deduce que no lo cubriría si no fuera en una tienda de aquí.

le informamos que los productos que se comercializan en España tienen garantía en este país, indiferentemente del país de fabricación. Por lo tanto, no encontrará problema alguno en caso de que tenga que utilizar la garantía del producto mencionado en España.
Saludos.