Al bajar el volumen del altavoz izquierdo lo que haces es que predomine el derecho, por eso te parece que se centra más el sonido, pero no es así, simplemente está desbalanceado. No tienes que acercar el izquierdo, lo tienes que alejar para que tenga un efecto balanceado. En cualquier caso, si te funciona bien como lo tienes pues perfecto.

El subwoofer no es que retumbe más (que también puede ser), es que ahora está emitiendo frecuencias que antes perdías por tener el crossover físico cortado por debajo del crossover virtual de los canales. Si te parece que es demasiado grave, puedes hacer dos cosas; 1) baja las frecuencias de corte de los altavoces a tu gusto (100hz?), o 2) baja el volumen físico del subwoofer.