Vamos al lío...

1) Problemas? Pues no tiene porqué. Siempre puedes configurar independientemente cada altavoz, de manera que podrás configurar el tiempo de respuesta con cualquier ampli decente. Si estuviera todo simétrico sería cojonudo, pero tampoco es algo preocuopante. Y más en tu caso, que estamos hablando de los traseros, que se utilizan bastante poco en líneas generales. Si te digo la verdad yo tengo mi home cinema exactamente como muestra tu gráfico, salvo por la posición del subwoofer, y lo tengo "tal cual", ni he mirado de compensar el desplazamiento de uno de los traseros porque los escucho bien como están (vamos, que de imagen sí, pero de audio no soy nada sibarita )

2) Respondida anteriormente
3) El subwoofer se puede poner en casi cualquier sitio, ya que su sonido no es direccional. Aún así, si se centra pues mucho mejor, pero una vez más y por suerte para ti, no importa lo más mínimo. Yo siempre los he tenido siempre debajo de uno de los delanteros (no el central) y perfecto.
4) Seguro algunos Yamaha (yo siempre he tenido estos, porque son excelentes para cine), que tienen la función YPAO (creo que se llama así), que consiste en un "jostick" que se utiliza desde el punto de escucha y recalibra automáticamente los altavoces.

Aún así y por suerte para ti y para todos, Lucky o matías_buenas o algún otro maestro jedi del sonido se pasará por aquí y te aclarará mucho mejor las cosas.

P.D: eres el mago del paint

salu2