Aunque no aparece en las especificaciones y se comenta en otros foros que el Yamaha RX-V2065 no pasa señal 3D por sus HDMI, convendría hacer una prueba con un lector BR o PS3, si alguien te lo deja.

Si se confirma que no pasa señal 3D la opción sería, como comentas, un lector con doble salida HDMI (que emita señal con ambas a la vez), una dirigida al TV y otra dirigida al AVR.

Lo que entiendo es lo que dices en la penúltima línea (te agredecerñía su editas el post y pones párrafo, por otro lado), eso de que utilizarías una salida del Yamaha para 3D, pues supuestamente no podrías enviar 3D a través de este AVR.