Primeramente comprueba que la señal que estas recibiendo no sea mono, tal vez algun problema venga de ello.

Respecto al nivel bajo, solo tienes que tocar la configuracion del altavoz o altavoces de manera individual en el receptor y subirle los db´s.

Respecto a lo de los ruidos es lo mas "mosqueante".
Primero comprobaria que las conexiones de los altavoces estan bien realizadas, que no hay nada que haga una mala o falsa conexion, aunque parece poco problable si en otras configuraciones te funciona.

Tambien probaria a hacer nuevamente la configuracion automática del Yamaha (el YPAO con el micro).

Tambien puedes probar cuando metas la señal estereo a utilizar el DTS Neo 6, a ver como te va.

Si nada de esto funciona, a lo mejor puedes tener un problema técnico y tener que llevarlo al servicio técnico.

Un saludo.