En efecto, la app de Netflix de Nvidia Shield todavía no soporta passthrough de Atmos. Es un problema de la app de Netflix porque la Nvidia en sí misma sí es capaz de sacar Atmos y DTS X. Por eso las series Atmos desde la app de Netflix solo sacan 5.1 (o simulando en el AVR un upmix) y en cambio si das play de alguna peli en su disco o disco externo con VLC o Kodi te da Atmos perfectamente.
En la lista que ha publicado SONAUR de la web de Netflix lo dicen bien claro: muy poquitos chismes pueden con el streaming de sonido inmersivo