Yo diría que es un problema de la app de Netflix para la Nvidia Shield. Esa app está en pañales y le queda mucho por mejorar pero llevan tiempo sin actualizarla...

Si tu echas una peli Atmos/DTS X en el disco interno de la Shield o le conectas uno por USB y usas para reproducirla las app para Shield de VLC o Kodi etc, te saca sonido inmersivo por el mismo HDMI al AVR perfectamente.