Si que lee los subtitulos de los .mkv. Primero extrae el subtitulo con mkvextrac te dará un archivo en .srt , este archivo y el mkv ( con el mismo nombre los archivos uno con extensión .srt y el otro .mkv) lo metes en una carpeta con el mismo nombre que el .mkv. Me explico como un libro abierto a que si

SALUDOS