es que no te estás bajando blu-rays 3d..
los mkvs suelen ser recodificaciones y normalmente van en sbs (side by side)
por eso te ocupan la mitad de la pantalla..
para ver esos mkv sbs, dale al botón 3D de tu tv, o ponlo en detección automática.
para grabar esos mkv sbs en
BD.. da igual el modo, ya que es un simple fichero.
los blu-rays 3D van en fichero ISO(es una estucturas de carpetas dentro de esa imagen) para ocupar menos,
aún así muchos ocupan cerca de 45GB
se pueden grabar con el imgburn o con el nero