La pierdes cuando cambias la asignación de amplificación con el número o distribución de altavoces, si no la cambias puedes cargar cualquier copia que tengas con la misma distribución, pero si la has cambiado tendrás que calibrar de nuevo.
Eso que nombras no modifica la asignación ni distribución, puedes cargar sin problemas con los cambios que quieras.
Si perdieras Audyssey, lo verías en el setup, no podrías seleccionar sus opciones.