En cuanto a los 2 altavoces, pienso que debería ponerlos con la intención de una configuración 5.2.2. Las pelis con efectos de surround traseros son para tener los altavoces en esa ubicación, es decir, detrás de la posición de escucha. Nada te impide que los configures como surround traseros, pero que luego físicamente los pongas delante y en el techo, aunque no parece lo más lógico.
En cuanto a lo del subwoofer conectado con una Y, no creo que pierda calidad, en todo caso la señal de origen se repartirá entre dos: pero como son altavoces amplificados no debería afectar demasiado, salvo que la señal de salida desde el receptor no fuese muy elevada y no excitase en demasía a los subwoofers. En el manual de usuario del SB-3000 que tengo indica que se pueden conectar subwoofers en cascada mediante los conectores de entrada y salida que suelen tener estos altavoces. Investiga a ver si es posible esta posibilidad en tu caso.