Os lo dije uno post anteriores. La codificación es completamente diferente. Un BluRay 3D usa Multiview Video Coding:
Multiview Video Coding - Wikipedia, the free encyclopedia
Un MKV SBS no usa nada. Simplemente pone una imagen al lado de la otra. Por eso esto se puede ver en cualquier lado (es una imagen normal) y lo anterior no (es otra codificación diferente. Para hacerte una idea, es como, hace años, poner un DivX/MKV en un DVD. Todo son pelis, pero los DVD no "entendían" los DivX/MKV, hasta que les pusieron los códecs para reproducirlos)