Entre una placa mini-ITX y una micro-ATX no tiene porque existir ninguna diferencia aparte del tamaño, en cuanto a características, chipset, zócalos de memoria... en todo pueden ser iguales, o sea, puede que sean diferentes, pero también pueden ser diferentes dos placas que sean las dos micro-ATX.

Bueno, a ver, en lo que sí que es diferente, por motivos obvios, es que la mini-ITX suele llevar como slots de expansión únicamente un PCI express de longitud completa (16x), mientras que la micro-ATX al ser más grande lleva algún slot más, generalmente un par de PCI normales (no confundir con PCI-Express)

Saludos