Hola Egj, voy a intentar contestar tus preguntas,

El wifi seguramente tendrás que comprarlo aparte, o bien un adaptador USB o bien si lo quieres interno una tarjeta PCI-e o PCI, pero con las cajas que estás manejando necesitarás que sea de media altura, y es complicado encontrar una tarjeta que te asegure que lleva el adaptador necesario.

El S.O., como creo que ya te decía, en mi opinión la mejor opción es Windows 7 si te lo vas a montar tú misma.

En cuanto a la caja, puedes comprar una caja con mando, pero también puedes optar por un mando aparte, que no será caro.

Cajas:

La caja Powercolor que pones es bonita, pero lleva fuentes microPSU, lo cual dificulta el "acertar" a poner una silenciosa, yo intentaría buscar una con fuentes hueco para fuentes ATX.

De la Aopen te recomiendo que te olvides, la fuente que trae es bastante ruidosa.

La Icaricio que pones está bien, pero ten en cuenta que tendrás que poner una fuente picoITX.

Realmente en cajas de bajo perfil que no sean horrorosas y que permitan fuentes ATX y la refrigeración sea decente no hay mucho donde escoger, como ya te dije, te recomiendo la ML03, si no, tienes algunas otras opciones pero se van de precio, como algunas lian-li o la misma Cooler Master 260 que yo he montado no hace mucho, que trae un panel imon y mando a distancia: ENLACE

Mini-teclado

He trabajado con varios de esos "sin marca" y suelen ser un desastre, no te los aconsejo en absoluto. Si quieres un mini-teclado gástate los cuartos en un dinovo mini, que te aseguro que merece la pena: ENLACE

Disco duro

El disco duro, los WD GP son muy buena opción, de hecho son los que monto, eso sí, es muy recomendable hacerles la reconfiguración del tiempo de aparcado de cabezales. En cuanto a la capacidad, si vas a usarlo como disco de sistema mejor el de 2 teras, porque el de tres te va a dar problemas para particionarlo correctamenet (por una limitación en los 2 teras que hay con el sistema de particiones MBR).

CPU/APU

Por lo demás, si la fuente va a ser de un mínimo de 120w (que cualquier ATX lo será) te recomiendo un AMD Trinity A8 de 65w de TDP, yo monto normalmente el A8 5500 que va esupendemante. Lo bueno de estas APUs es que la CPU y la GPU está muy equilibrada, son ideales como HTPC (incluyendo HDMI 1.4 para tener soporte de BD3D en Windows)y además pueden valer para videojuegos si no tenemos un nivel de exigencia muy alto.

El Intel no es mala opción, tendrías que ir a un i3 3225 para tener potencia similar de procesador y una gráfica con las mismas capacidades como HTPC, pero es más caro y en potencia 3D es claramente inferior al AMD.

Placa base

Los micros, como te digo, por parte de AMD el A8 5500 y por el "lado azul" el i3 3225 Ivy Bridge, y placa base pues ya una que se adapte a la caja que busques (en caso de la ML03 una microATX) que lleve las conexiones que necesites. En caso de AMD con que lleve chipset A75 te vale, el A85 no tiene apenas diferencia, y el A55 si que no te lo recomiendo, por poco más tienes A75 que tiene diversas ventajas como el USB 3.0 nativo y no en chip aparte.

RAM

Memoria? Con 4 gigas va bien para lo que necesitas, aunque si quieres puedes montar 8 en doble canal para tener un poco más de rendimiento.

Refrigeración

No comentas nada de la refrigeración, y es un punto importante, lo ideal es poner el mejor disipador que quepa en la caja, y también modificar la caja para mejorar los flujos de aire. Te recomiendo leer esto: ENLACE

También, según la caja que uses es recomendable algún ventilador de caja que sea silencioso.

Un saludo