Exacto, si te fijas el programa que hace el flash es el mismo de siempre, la gracia está en el contenido del fichero "flash.bat" que debería tener simplemente esta línea:
kbd /"flash O41100~1.rom -r 100000,10000 -r 1e0000,10000;q"
Por lo demás es sencillo:
1) Sustituye el fichero 041100113.ROM por el modificado. (El que usé yo tiene de CRC = 10445E62, por si te sirve de algo

)
2) Desconecta los discos duros del equipo y deja solo el lápiz USB con el instalador. (Esto es más por precaución que otra cosa).
3) Arranca el microserver y déjale hacer sus cosas hasta que salga el "> C:\". (Vamos el prompt de toda la vida).
En principio, salvo que se te vaya la luz a mitad de la operación, no hay riesgo XD. (Si tienes SAI/UPS ni eso).
Como en todo cambio de BIOS suele ser recomendable resetear el CMOS. En este caso como vienes de la antigua modificada puedes pasar olímpicamente de esto, pues al parecer son en esencia idénticas y usan los mismos parámetros.
Sí, tiene las mismas opciones, incluso comparten el número de revisión. Todas son "041". (Tanto la original como la modificada, y tanto la 2011 como la 2013).
Y sí, ésta modificada de 2013 tiene las mismas opciones que la modificada de 2011.
En cuanto a lo del SATA 3 GB, sí, se configura igual. Para el Hotplug recuerda que necesitarás meter los drivers para "AMD Series 7".
(Al menos a mí es con los únicos que me funciona el Hotplug de verdad, y puedo estar poniendo y quitando discos continuamente sin problemas. Con todos los otros que probé podía montarlos y desmontarlos (1 vez), pero a la hora de intentar montar otro en esa bahía = FAIL).
Resumiendo, que si no es para instalar Windows 8.1 / 2012 R2, no merece la pena el esfuerzo y se puede quedar uno con la de 2011 sin problemas.
[PD: Veo que llegué tarde con la explicación XD, no es buena idea ponerse a cenar dejando el mensaje a medio editar XD)]