Hola Juangete,
Ante todo perdona la tardanza en contesta, pero llevo unos días que estoy super liado.
Te voy contestando componente por componente, creo que es mas cómodo para mí y para tí también:
Caja: No es una caja HTPC, por lo que según gustos en un salón no encaja, pero eso sí, tiene un precio de derribo y es una excelente caja con buenas opciones de refrigeración, con lo que si la estética no es problema.... adelante!
Fuente: Esa fuente que pones es excelente, yo he montado una de 500w y es una gozada. Eso sí, si buscas una fuente de calidad y realmente silenciosa, no tienes que gastar tanto. Actualmente yo estoy montando las Pure Power L8 80+ Bronze y son totalmente silenciosas. las tienes en 300w y en 400w.
Para el equipo que pones con la de 300w ya vas sobrado, incluso podrías poner una VGA integrada con un consumo moderado y seguirías estando por debajo de los 300w. De todas formas por poco más puedes poner la de 400w para "curarte en salud" de cara al futuro.
APU: Muy buena elección, un procesador muy potente, cuatro núcleos reales y además con una HD4600 integrada, con lo que tendrías soporte de Bluray3D.
RAM: Esas memorias se puede decir que son ya todo un clásico, jeje, muy buena elección.
Disipador: ¿Como no estar a favor de un Noctua? jeje. Bueno, te cabrá en la caja y es muy buena opción, aunque podrías refrigerar mejor y ahorrar unos eurillos con el Ninja 3, que también te cabrá en la caja y lleva un Slipstream de 12cm: ENLACE
El Noctua NH-D14 sin duda es un pedazo de bicho, y mejor que el Ninja3, pero vale bastante más y solo lo veo interesante si vas a hacer overclock extremo, cosa que no es el caso, ¿no? jaja
Disco duro: En aras del silencio mejor pon un Western Digital Green Power, y si lo vas a usar como disco de sistema pon uno de dos teras, porque si no te aseguro que te vas a volver loco para poder particionarlo correctamente en GPT y aprovechar todo el espacio de uno de 3 teras
Tarjetas de sonido: Aquí seguramente no soy el más indicado para aconsejarte, pero está claro que lo sensato es poner una tarjeta de sonido dedicada porque vas a usar las salidas analógicas y así tendrás más calidad. Ve contando lo que averiguas al respecto y así vamos a aprendiendo todos, porque el otro día un cliente me preguntó acerca de poner una tarjeta dedicada si usaba las salidas analógicas y estuve un poco perdido con los molelos y cual era más conveniente.
DVD: Cualquiera en principio te dará buen servicio, y Liteon es buena marca.
Ventiladores: Esos Noctua son muy buenos ventiladores, pero por un poco menos tienes los Scythe Gentle Typhoon, que son fabricados por Nidec y tienen una calidad y reputación más que buena. Lo ideal serían de 1150rpm y ya tu los regulas para que normalmente estén a menos rpm, claro.
A tus preguntas... Las Intel HD4000 y HD4600 en teoría son HDMI 1.4 y por lo tanto son compatibles con BD3D, y digo en teoría solo porque yo no lo he probado, pero deben funcionar... En cuanto a sus capacidades para HTPC, cumplen perfectamente, dando los 23,97 fps y con una calidad de imagen que no tiene nada que envidiar a las ATI, de hecho yo vendo muchos equipos con APUs i3 3220T que llevan una HD2500, y es básicamente una HD4000 con menos potencia para juegos y sin soporte para BD3D.
A no ser que vayas a usar el equipo para videojuegos no tiene sentido que gastes dinero en una VGA dedicada, y en caso de hacerlo, te convendría comprar un procesador que no llevase VGA integrada, porque así no estarás pagando por algo que no usas.
Un saludo