Lo del 3D es para gustos. Ahí no diré nada.
En cuanto a la calidad de un mkv frente a su original, ni de coña .
He comparado mi original bluray de StarTrek into darkness contra un mkv de casi 10GB que anda por la red. No puedo saber cual es su origen, pero si tienes ambos y tienes costumbre de ver originales, enseguida notas las diferencias.
Que no justifican el coste?
Que no se notan en una tv de xx pulgadas?
Que me harías dudar con algunos mkv sobre si estoy viendo bluray o no?

Podemos entendernos en ese campo, pero por lo general, no tengo ninguna duda de que lo que ya se ha comprimido, por muy eficaz que sea la compresión, algo pierde.