Hace mucho que no trasteo con el 3D pero recuerdo que tenía la mayoría de .mkv que no reconocía el proyector y era problema de las cabeceras del archivo. Lo había solucionado arreglando las mismas con MkvTools. Con éste software arregle el 90% de los archivos que no eran reconocidos ni por el proyector ni por el televisor que tenía en ésa época. Así y todo, hubo archivos que no funcionaban y se reproducían con una doble imagen (SBS o UO).
Prueba, a ver.