No tiene por qué ser mala configuración sobre todo si tenemos en cuenta que los altavoces ubicados en sala seguramente bajen algo más. Dicho esto a mí personalmente me gusta cortar bastante arriba, nunca a menos de 80 hz (tampoco a más de 100 hz) independientemente de lo que bajen los altavoces.
Si modificas el LPF del subwoofer y lo pones en 80 hz entonces el canal LFE sólo reproducirá hasta 80 hz. Como el canal LFE tiene información hasta 120 hz (aunque entre 80 y 120 hz no suele haber mucha, menos cuanto más próximo a 120 hz) lo normal es dejarlo en 120 hz.