En efecto se trata de un conjunto que consta de unos monitores, aunque básicos si te gusta el sonido que ofrece sigue con ellos. Pero en el momento que los cambies por otros actuales incluso de la propia marca notarán un buen cambio.

No significa tener que cambiarlos forzosamente. Yo tuve unos B&W DM602 durante décadas y me encantó su sonido, hasta que los cambié por unos Monitor Audio Bronze 500 y la satisfacción está yendo en aumento infinitamente mayor.

Para la mejora de dicho equipo puesto que además lo comentas es el cambio de dichos subwoofers, ni mencionar el E3. Aunque cualquiera que posea ciertas prestaciones de más que el E5 te desempeñará un muy buen papel.

Yo no entiendo de esta materia y me basé en lo que los compañeros me recomendaron como fue un conjunto de dos SVS SB1000 Pro, pero quizá te aleje de su compra incluso de una sola unidad su precio.
https://www.supersonido.es/p/svs-sb-1000-pro

No obstante para mí, como diseño bastante similar a SVS y aparte bastante original te diría que sopesaras este mismo de Polk Audio.
https://www.studio-22.com/polk-audio-hts-12

Reduciendo en parte su precio y actualmente en oferta este otro de Magnat.
https://www.studio-22.com/magnat-alpha-rs12

En tu caso mientras tengas el E5 de Jamo a mi parecer con conectar el borne RCA que indica mono y ajustando la frecuencia a 120 hertzios y fase a 0 deberías de escuchar los graves de manera correcta, y a un volumen de entre las 10/11 horas de un reloj.

Calibra nuevamente el equipo y nos comentas si tras los ajustes del sub notas alguna mejora. Si posee activación de graves automática seleccionala en manual, que esté siempre el altavoz en funcionamiento frente a una pre-espera que quizá al calibrar no llegue a detectarlo el receptor puesto que tarda unos segundo dependiendo de la clase de subwoofer en activar el sonido.