Hola caracoliyo, yo también tengo un onkyo tx-nr616 y no he tenido ningún problema con la reproducción de usb. Hoy mismo he probado un pendrive con sistema FAT32 y un disco duro externo con NTFS y todo bien. Yo no tengo actualizado el onkyo porque con la versión actual todo me ha funcionado correctamente. Pero por lo que dices, entiendo que el onkyo si te reconoce los pendrives porque puedes ver las carpetas, y que es cuando intentas acceder a las canciones cuando no puedes ¿no?
A lo mejor el problema es del formato de archivo de audio que no lo pueda leer el onkyo. Yo he probado mp3 y flac y va bien.

Saludos