El conector en Y no debería ser un problema. El cable, aunque no es el más adecuado, tampoco debería serlo, pero pudiera ser que fuese el causante de la baja señal que le llega al sub. Lo primero que haría sería probar con el cable "malo" directo al preout para ver si sigue con el problema y descartamos que sea cosa de la Y. Luego probaría con el cable coaxial del otro sub también directo a pre-out para comprobar diferencias de cableado. Si así funciona bien, conectar la Y con el mismo cable coaxial (sin conectar el JBL), para descartar que sea la Y. Si funciona bien, conectar el JBL con el cable rojo/negro a la otra salida de la Y. Si se atenúa la señal del JBL, es cosa del cable. Si se atenúa la señal del Polk es cosa de la Y que no reparte bien.

Por otra parte, probaría a conectar a las entradas de línea en lugar de a LFE.