Creo que como lo tenías hasta ahora era la forma correcta:
A la tv la imagen y al Yamaha el audio. Así no tendrás problemas ni con el dvd ni con el disco multimedia.

Lo que pasa es que si conectas el disco multimedia a la tv por usb, deja de ser multimedia y se convierte en disco externo "normal". Las tomas que lleva no se activan.
Soy consciente de que ese modelo de tv ha sorprendido a más de uno con el tema de que reproduce mkv y demás. Para eso la tv tiene las salidas digitales (creo que tiene digital coaxial). La mayoría de las tvs dan salida estéreo por esa toma, pero si tienes suerte te reproducirá 5.1 para los archivos reproducidos desde usb (los que lleven esa pista de audio, claro).
Así que si conectas el dvd a través de la tv al Yamaha, probablemente perderías el 5.1.

En cuanto al tema de que se oiga bajo, yo dejaría activo el SPDIF. Y el cable rca que sale de la salida digital lo conectas a la entrada digital coaxial del Yamaha, claro.
De esta manera al ampli le llegan datos de audio a través del cable (no sonido), y la amplificación va por cuenta del Yamaha.