Hola, de forma burda explicado pero para entendernos, el puerto réflex actúa como un cilindro donde se comprime y descomprime el aire, a la frecuencia en la que esté sintonizado. Siempre será mejor dejar libre su salida, pero si pones un obstáculo frente al mismo (la base del soporte), que sea uniforme en toda la salida del puerto, no parcialmente.
En resumen, o haces una estructura abierta como el ejemplo que anexé, o por el tipo de soporte que tienes planteado, con base superior en madera, que no puedes hacer un hueco suficientemente grande, mejor dejas la pieza superior enteriza.
Saludos.