La diferencia está en la gestión de graves y la ecualización de la sala, ambas cosas las hace el AVR si le llega la señal digital, en su previo, pero si la señal llega en analógico el AVR solo la amplifica, perdiéndose la división de frecuencias para el SW (si bien muchos lectores actuales incorporan gestión de graves, no siempre del nivel que el AVR en cuanto a selección por grupos de altavoces o el doble grave) y la modificación en ganancias, ecualización de frecuencias, retardos por la distancia, cambios de fase, etc, que se obtiene con la autoconfiguración y ajuste a la sala automatizados.
A eso se puede añadir (en reproductores añejos) la inadecuada descodificación del canal .1, que está grabado a -10dB de su nivel, y que el descodificador del AVR automáticamente le da esa ganancia normalizadora, cosa que no siempre hacían dichos reproductores, funcionando sin embargo correctamente para las pistas DTS musicales, donde la grabación no disminuía el nivel original en 10dB. Esto ultimo hay que tenerlo en cuenta si es el AVR quien descodifica una pista de música multicanal DTS, si se deja, hay que decirle que no aumente esos 10dB al canal .1 (los Denon tenían esa posibilidad, al menos).
El porqué el bitstream no soporta audio secundario, no lo se seguro, supongo que al no estar incorporado en la pista de audio original (banda sonora propia de la pelicula) y enviarse esta como paquete íntegro de datos, no puede mezclarse su sonido con el del audio secundario, algo que si sería posible si descodificamos ambos archivos en un solo medio de transmisión, el PCM.
Añado también algo que se me pasó en la contestación anterior, sobre si se pierde algo al descodificar el lector los formatos comprimidos, con y sin pérdida, a PCM. Y si que perdemos algo, la configuración que Dolby y DTS permite en cuanto a balances entere altavoces y otras opciones de esos sistemas, solo disponibles en el AVR.