Un MKV es tan solo un contenedor y puede tener dentro casi cualquier cosa. Yo muchas veces meto códec xvid en un mkv con sus subtítulos y le creo capítulos, aunque lo habitual es que un mkv contenga el códec de vídeo AVC (H.264). Tienes que mirar dentro de tu MKV para ver que códec contiene. Tal vez no sea soportado por el TV. Usa MediaInfo para verlo. En las especificaciones de vídeo por USB de la web del 42LW5500 dice:
Formatos de lectura por USB
DivX3.11, DivX4.12, DivX5.x, DivX6, Xvid1.00, Xvide1.01, Xvid1.02, Xvid1.03, Xvid 1.10-beta-1/beta-2, Mpeg-1, Mpeg-2, Mpeg-4, H.264, AVC
Audio por USB: AC3(Dolby Digital), EAC3, AAC, Mpeg, MP3, PCM
Mediainfo Easy (fácil)
Mediainfo HTML