Paforo, me parece si he entendido bien lo que cuentas, que estas "agarrándotela con papel de fumar". Me explico, estás usando un contenido en diferentes recompresiones mkv. Esto solo lo puedes evaluar con un bluray. Lo que está alterando todo el tema son los bloques de compresión que según el tipo de imagen y fecuencia se perciben de forma distinta. No es lo mismo 720p a 50/60HZ que 1080p a 50/60Hz...si a esto añadimos que el contenido original es 1080 24p ...las diferencias que ves son las normales.

Luego respecto a los setings del multimedia, estos también tiene mucho que decir.

Por ejemplo con mi bluray pana 110, cuando veo en mkv lla trilogia de STAR WARS (las nuevas pelis) si uso el modo de imagen película al ser estas rodadas en cinedigital y visualizadas en 60Hz en lugar de 24p el multimedia falla y crea falsos efectos de desentrelado, cosa no posble en principio dado que se rodó en progresivo..pero ahí están. Esto sucede porque el multimedia no me envía la cadencia original de 24p al tratarse de un mkv. No onstante si visualizo el Bluray original como el contenido va a 24p, la cadencia original, estos problemas causados por el pulldown desaparecen.

Cuando una película como "Cisne negro" rodada con textura de grano visible, ya que su director de fotografía intencionandamente quiso usar la luz natural en las escenas nocturnas y de interiores (casi todas), sufre un pulldown o un cambio de cadencia o recompresión en mkv se resiente. Pero este film y cualquiera con circunstancias similares.

Digamos que estás culpando al "mensajero" (el panel) en lugar de al culpable...el "ripeo" de un bluray...que no siempre produce resultados óptimos.

No busques el problema en el HDMI, tampoco es el problema este solo transporta los datos. La única forma de determinar si tiene o no problemas es con patrones o en todo caso con un disco bluray en un player bluray. Hay algunos como el Essentials y similares especialmente dedicados para esto.

Veo que esta empezando a ser peligrosamente habitual que muchos evaluáis con un contenido como poco dudoso y en players sin certificación la calidad de un panel. Esto nunca es fiable ni tiene sentido...

Dicho de forma salvaje pero brutalmente real:

"Es como si el camello le pasa matarratas al yonqui y este culpa a la jeringuilla de ensuciar la droga en lugar de a la mierda adulterada que le pasa el camello...si esa droga procede de una fuente sanitaria (como las usan los médicos) cumple las normas y calidades...pero cuando pasa por un camello...nunca se sabe"

Saludetes (y un aplauso por tu dedicación, aunque no sea el método correcto)

PD:
Ojo no entro en que el firm en cuestión introduzca modificaciones, algo normal por otro lado. Solo señalo que el método puede inducir a errores de apreciación