Esto pasa con los mkvs que tienen el flag de subtítulos activados por defecto. Para cambiarlo tienes que usar el mkvmerge: seleccionar la pista de subtítulos y marcar No/No en las opciones de pista tal y como se ve en la imagen.
mkvmerge.jpg
Solamente hay que dejar activados (Sí/Sí) los subtítulos forzados. El inconveniente es que hay que volver a multiplexar el archivo.
Un saludo.