Por si lo pruebas :
1º importa el mkv a convertir
2º selecciona "intentar decodificar con ms dx9 directsohw"
3º selecciona la pestaña "avchd y hd video"
4º selecciona "xvid hd video"
5º te saldra directamente el nuevo formato a convertir
" hd xvid video 1920x1080p (.avi)
6º pincha en "convertir ahora" y a esperar a que termine ... ya la tienes.
Este formato utiliza un contenedor avi, pero la verdad es que la tele lo reproduce con total fluided y sin parones, con una calidad excepcional.
Yo he convertido peliculas a este formato con un bit rate de video de 40.000 kbits/seg y se mueven perfectamente en el televisor (eso si con un intel i7 y 6 gigas ddr3, la grafica normalita, una hd ati 4650). El problema naturalmente son los gigas que te ocupa en el disco, pero si tienes espacio ... . De todas formas manteniendo el bit rate original se ven perfectas. Ya tendras tiempo de trastear con el conversor.
Saludos.