Bueno, obviamente no es ni la misma entrada o salida ni el mismo conector. Por lo que si hay diferencia.
Cual es el mejor?...dependerá del aparato y sus componentes.
Por lo general la señal más limpia es la que proporciona el RCA, pero si la conexión scart es de calidad y el conector también no tiene porque haber diferencias en el campo teórico. En la realidad aparecen en ocasiones (no siempre) diferencias debidas a la proximidad de las conexiones internas en el scart, lo que puede provocar algún ruido o interferencia.