Siento discrepar. Que más calidad es mejor que menos calidad es obvio. Pero no confundamos a la gente con relaciones causa-efecto que no son ciertas.
En primer lugar, existe cualquier resolución que tú quieras codificar. Y con un ordenador no tendrás problema, otra cosa es que haya reproductores multimedia que no la admitan (o, en este caso, el proyector).
En segundo lugar, lo de que el SBS oscurece carece de todo fundamento. Es más, si te lo ripeas tú, puedes aplicar filtros de corrección que incluso mejoren la gamma y veas más luminoso, y contrastado el ripeo que el original. Ahí depende ya de lo que sepas hacer en proceso de imágenes. En cualquier caso, esto tampoco depende del formato, sólo de como proceses el video, desde luego si comprimes en MVC y te vuelves a haer un BD-3D, pues tendrás el mismo resultado. Contraste, brillo, gamma, etc, no tienen NADA que ver con el formato SBS o MVC BD-3D.