En mi caso hacía la medición como dices, activaba o desactivaba opciones como dinamic EQ o volumen, cambiaba las frecuencias de cruce como has hecho y ya está. Los niveles que me daba de cada altavoz tanto de distancias como de volumenes los dejaba tal cual, porque son los que Audyssey ha considerado que son los correctos para tener los niveles igualados en el punto de escucha. Con eso guardaba la calibración y la enviaba al AV.
Una vez en el av, si quieres comprobar con el sonometro puedes hacerlo y ya si quieres puedes retocar un pelin arriba o abajo en el AV, pero nada mas.
Eso que dices de dejarlos todos a 0 no es correcto porque te estarás cargando lo que Audissey ha visto que tiene que corregir.

El sw es posible que lo notes un poco bajo, puedes subirle unos db si te gusta más, y ya lo tienes.