Muy pertinentes estas cuestiones.
La diferencia de luminosidad, es debida posiblemente a las diferencias de formatos originales en el BD, al etalonar han ajustado a favor del que consideraron mejor.
Por otro lado el mpeg2 por su programación tiende a realizar una optimización de colores y luma para que luego los players saquen todo lo posible, generalmente da una sensación mejor y más saturada que el AVI original.
Así esto justifica esos cambios especialmente obvios en la saturación de color
También estás muy acertado con que el cambio de ratio de pixel 720x576 16:9 en lugar de 1024x576, o mejor los originales 1920x1080 crean una distorsión en las lineas verticales, lo que podría tener que ver también con las observaciones que hacemos (en especial la de los trabajadores de la fábrica en las vigas, que yo atribuía al movimiento)
Si el proceso lo hiciésemos desde el BD original en teoría debería de ser un pelin mejor, pero intuyo que a efectos sería muy parecido, ya que si se trata de lo que comentaba antes del "trabajo hecho del mpeg4"...el mpeg2 trabajaría con la misma información vertical...
No cabe duda que sería interesante...pero recordad, si la película principal del DVD original mide 5,8 GB el DVD generado desde el MKV/BD ha de ser también 5,8 así que no creo que haya mucha diferencia entre sacar desde la línea de tiempo, MKV o BD original