Ordenador potente para cálculo numérico y virtualización

Abro este hilo para pediros consejo sobre la compra de un ordenador potente que será utilizado para cálculo numérico con MATLAB y virtualización.
Aunque este foro no está especializado en este tipo de ordenadores sí que he leído a foreros que tienen mucha conocimiento sobre componentes ya que se dedican a montar equipos y otros se dedican a cacharrear con los equipos todo lo que pueden.
Ya aviso que es largo, pensaba preguntar un par de cosas y uno se lía y no para de escribir para pedir consejo.

Os pongo en antecedentes:
En casa tengo "reliquias" de entre 8 y 10 años y tengo que comprar un ordenador potente como veréis a continuación. Os comento para qué lo necesito y los requisitos que he encontrado.

1) MATLAB
Necesito un ordenador para trabajar con MATLAB, un programa para cálculo numérico (MATLAB - El lenguaje de cálculo técnico - MathWorks España) por eso el motivo de la compra, porque para navegar y ofimática sobraba con lo que tenía.
En la siguiente página se explica por encima los requisitos de SO y hardware necesarios para su funcionamiento System Requirements
En esta otra se explica más en detalle las características del equipo y las posibilidades de hacer cálculos en paralelo tanto en CPU's como en GPU's (Choosing Hardware - MATLAB - MathWorks España), además parece ser que el Hyperthreading no le es útil ya que necesita de FPU's; para las GPU's habla de utilizar los CUDA 1.3 o superior (creo que al menos necesitaría la versión 2 para aprovechar otras características) de NVidia (listado de tarjetas con CUDA https://developer.nvidia.com/cuda-gpus)
La experiencia que tengo es muy poca ya que llevo menos de 2 meses con el programa y he probado las versiones R2012a y la R2014a, no he podido probar paralelismo con GPU's (no dispongo de gráfica NVidia) y sólo un poco con CPU's pero en máquina virtual. Creo que lo que más necesita son MHz y si se le pasan matrices muy grandes entonces además hace falta RAM, sólo he probado con 4GB ya que no dispongo de más.
Para este programa el ordenador estará varias horas seguidas haciendo cálculos a su "máximo" rendimiento por lo que la refrigeración debe ser potente. Este es el punto principal por el que he descartado que sea un portátil, además de que los procesadores de portátil son menos potentes.

2) VIRTUALIZACIÓN
Como segunda necesidad está la de crear máquinas virtuales ya sea con Virtualbox o con VMWare.
La experiencia la tengo con los ordenadores antiguos de casa y se trabaja muy lento, con un "poco" de paciencia se soluciona. Con el ordenador del trabajo ya es otra cosa (i3-3220 con disco sata de 500MB y 8GB), abro 2 ó 3 máquinas de entre 1 y 2GB y la cosa funciona, a excepción del disco duro. Se nota la lentitud sobre todo cuando estás instalando o copiando ya que copia datos en el mismo disco duro que comparten las máquinas virtuales y la real. Miro el monitor de recursos y veo que sobra CPU y RAM, por lo que tiene que ser el acceso al disco duro, con un SSD supongo que se solucionaría.

3) HTPC
También me gustaría poder utilizarlo de HTPC, aunque creo que no va a ser factible debido al posible ruido y tamaño de la caja. Para las necesidades 1) y 2) la refrigeración necesaria para el procesador supongo que necesitará de una caja grande y un disipador potente ya que estamos hablando de un procesador superior a un i3 y, si se tercia, de una tarjeta gráfica NVidia. A no ser que haya posibilidad de caja sobremesa y ventilación adecuada y silenciosa no podrá utilizarse de HTPC, aunque al menos me gustaría que se pudiera configurar como NAS para las películas, en principio por PLC.

Después de las necesidades os pongo unas indicaciones sobre las piezas del equipo y os pido consejo para elegir el modelo más acertado.

PROCESADOR
Principal componente a elegir ya que de él dependerá la elección del resto de componentes. Por lo leído en Choosing Hardware - MATLAB - MathWorks España y que no va a hacer un uso potente de hyper-threading, es posible que un i5 se comporte como un i7. Los TDP van entre 65-84W, y las versiones "T" a 45W aunque a una velocidad menor, desconozco el consumo que tendrán cuando se activen a su velocidad máxima a la que pueden llegar sin OC, supongo que en ese momento los consumos serán iguales ¿o no?. La principal diferencia que encuentro es que los i5 tienen 6MB de caché, 4 cores y no tienen hyper-threading mientras que los i7 tienen 8MB de caché, 4 cores y 8 subprocesos (hyper-threading). No sé qué opináis sobre los procesadores de socket 2011 que ya tendrían más caché, cores y consumo, tal vez el precio con respecto a las prestaciones no compensaría.

DISIPADOR
Que refrigere bien cuando tenga el equipo a máximo rendimiento y no haga ruido a ser posible.

PLACA
Según el procesador elegido, pero debería tener mínimo 4 bancos de memoria (para un máximo de 32GB) y un par de PCI-e (por si se pusieran en paralelo varias NVidia)

MEMORIA
Al menos 8GB de 1600MHz, supongo que compraría 1 módulo de 8GB y si me hiciera falta más compraría otra igual para aprovechar el dual channel. Por lo visto en 4th Generation Intel® Core más velocidad en RAM es desaprovecharla ya que el tipo de memoria que funciona con los i5 e i7 es DDR3 1333/1600MHz, caso aparte serían los procesadores de socket 2011 que, según modelo, pueden utilizar DDR4 a 2133MHz

CAJA
Una que permita una buena refrigeración y tenga capacidad para poner un par de HDD además del disco SSD para sistema y una unidad lectora/grabadora de DVD/Bluray. Además tiene que tener previsto el hueco para (al menos) una VGA NVidia dedicada. A ser posible que no tenga leds con colorines, esto lo comento porque cuando he buscado ordenadores potentes aparecen los de gaming y suelen llevar leds decorativos.

VENTILADORES
Por si la caja va a necesitar alguno adicional al del disipador de la CPU para que se mantenga en temperaturas normales. ¿Cómo está el tema de las rpm? ¿se autoregulan con la temperatura? o, en caso contrario, ¿se dispone de algún sistema para regularlas manualmente? Esta pregunta está también relacionada con el disipador del procesador.

FUENTE
Una fuente que permita alimentar la CPU elegida y la VGA si se pusiera. Por lo leído en los artículos de Tassadar debería cumplir mínimo el estándar 80 Plus Bronze por motivos de rendimiento y temperatura. Sobre si ponerla modular o no, ¿pensáis que vale la pena una modular?

VGA
Según el hilo sobre tarjetas gráficas https://www.forodvd.com/tema/122712-...-muchos-megas/, lo importante es la velocidad de la GPU y de su VRAM, y que esta sea abundante. ¿Qué pasa cuando nos quedamos cortos de VRAM, emplea la RAM del ordenador? Recordad que el uso de la VGA será para hacer cálculos y no es necesario rendering en tiempo real. Tiene que ser de NVidia sí o sí por MATLAB y su requisito de CUDA 1.3 o superior. Este componente lo tengo muy incierto ya que no se el rendimiento que obtendré sólo con el procesador. Si se quedara corto es cuando podría poner una NVidia y tirar de sus CUDA. Incluso poner un i5 y destinar la diferencia con respecto al i7 a una NVidia más potente. ¿Alguna tarjeta con buena refrigeración que sea silenciosa? ¿Alguien con experiencia en cálculo con CPU's vs GPU's me puede aconsejar? Si fuera en MATLAB pues perfecto.

HD SSD sistema
Debido a la necesidad de crear las máquinas virtuales he decidido poner un SSD de 120GB ó 250GB con memorias MLC. Otra posibilidad es poner alguna máquina virtual en un HD SATA distinto al del sistema para que no estuviera accediendo al mismo disco. ¿Las mejores opciones siguen siendo el crucial MX100 y el M500?

HD SATA almacenamiento
Un disco SATA para almacenamiento, podría ser el green de western digital.

LECTOR/GRABADOR
Una unidad lectora y/o grabadora (que aunque cada día se utilicen menos siempre puede hacer falta) de DVD o Bluray (esto último sí sería muy interesante si se pudiera utilizar el equipo como HTPC).

MONITOR
El monitor ya sería secundario por poder utilizar el que tengo, pero si sabéis de una buena compra soy todo oídos.

Los sistemas operativos serán W7 profesional y Ubuntu 14.04LTS ambos de 64 bits. Todavía no tengo claro cuál será el que ponga en la máquina real. En las virtuales habrá de ambos.

En cuanto al precio no sabría deciros, no tengo un presupuesto fijado, pero no es ilimitado. Un equipo equilibrado en cuanto a relación calidad/prestaciones y precio.

Pues creo que ya está todo, vamos un mensaje corto
Si se me ha olvidado algo o incluso si estoy equivocado en el planteamiento y me recomendáis otra opción soy todo oídos.

Gracias a todos por leer hasta aquí. Espero vuestros consejos y experiencias.

Un saludo