Ojo con esos "programitas" porque son los que suelen generar las "cagaditas"

Para empezar, hay que evitar cualquier recompresión siempre. Cosa que hacen casi todos estos. Si quieres mantener la calidad original, debes de cambiar formatos pero sin codificación.
Esto se sabe en seguida porque es como con el mergeGUI, se tarda tanto como en copiar un archivo o poco más.
Cuando aparecen muchas posibilidades de configuración y la cosa supera en tiempo más de lo razonable...estas recomprimiendo lo ya comprimido y destrozando la calidad resultante.

Para hacer esto que te estoy diciendo, el virtualdub (o similar que extraiga el mpeg del VOB), el merge y el nero para las autorías tendría que ser más que suficiente

PD:
Recuerda la clave es extraer y cambiar formato, no recomprimir o transformar. Cualquier pérdida de líneas es una tragedia para una pantalla HD