A ver. Si tu versión de firmware pone eso de "con guía avanzada" es el de Sincroguía, y eso ya no existe siquiera. InOut ha desaparecido y ya no hay sincroguía siquiera, salvo que tengas un 4G de esa empresa y llega por internet. De hecho el HD795 salió al mercado y a los 4 días perdió la Sincroguía porque InOut y Gigaset se tiraron los trastos a la cabeza.
Es decir, que no tienes EPG para hacer grabaciones y no sabes lo que van a dar las cadenas, a lo sumo verás lo que están dando, pero no lo que van a dar mañana, por ejemplo.
Si tienes EPG, es que tu firmware es más moderno que ese y ya es al menos el siguiente que salió. Pero claro, siempre cabe la posibilidad de que uses el equipo sólo para ver MKV y de eso de ver la TDT no hagas nada.
Los códecs de estos equipos no se actualizan. A lo sumo si sacasen una versión nueva de firmware podría cambiar alguna cosa, pero casi nada apenas. Como ya no existen ni InOut ni tampoco Gigaset, sólo podría cambiarte algo si saliese alguna forma de poner un firmware diferente, cosa que dudo. No son ordenadores "completos" y no se instalan aplicaciones como en los ordenadores ni puedes cambiar nada por tu cuenta referente a códecs o drivers.
Lo que tienes que hacer es mirar en un PC los MKV que tienes. Al menos uno que funciona y uno que no. Miras con algún programa específico, como VLC o MEdiainfo, o el que tengas más a mano, las propiedades de códecs de esos MKV. Seguro que no usan el mismo códec, así que los MKV con el códec que no te admite tu reproductor no te sirven en el mediacenter. Podrías usar un programa para cambiar la codificación para que sirva en tu mediacenter, si crees que te es necesario.
También leo a veces en los foros que MKVs (o AVIs o lo que sea) que funcionan, pasan a no funcionar de repente. En este caso suele deberse a corrupción de los datos en el HDD o bien a corrupción del firmware. En el caso del HDD se comprueba en un PC con güindous que el sistema NTFS esté correcto. En el caso de ser el firmware el corrupto, se debe reinstalar y cruzar los dedos para que eso resuelva el problema y no toque reinstalar 3 ó 4 veces.
Creo que tu caso es el primero, porque dices que los ves pero no los oyes. Si en realidad te pasa que antes funcionaban y ahora repentinamente el mismo archivo ya no funciona, especifícalo porque igual puedes hacer algo para solucionarlo.