Hola josel.

Pues a mi no me pasa nada de eso, aunque yo no tengo archivos mkv. A mi me muestra todas las carpetas y dentro de cada carpeta me muestra las subcarpetas y dentro de ellas todos los archivos. Incluso me ha ocurrido que hay algunos archivos corruptos que no los puede leer, pero aun asi me figuran en la lista de los contenidos de la carpeta.
Prueba a entrar en el giga conectandolo a un pc, por el puerto usb device a ver si cuando te lo reconozca como un disco duro externo puedes acceder a todos los archivos o te da algun error y a lo mejor asi te aclaras algo. Mira tambien cuanto tienes ocupado del disco duro, pues si es mucho y esta lleno se habia dicho en este foro que los discos duros de muchos teras no funcionaban bien con este aparato, aunque creo que se puntualizo que era para los de tres teras.

Saludos.