Odracir, tiene mucha lógica lo que comentas ya que al poner el comando del arranque del demonio directamenten en el rcS arranca el transmission pero mal, ya que no toma de forma correcta el directorio en el que tiene que almacenar los torrents ni el directorio en el que está la configuración.

Así que tiene pinta de ser por lo que comentas, quizá en ese momento no está todavía montado el sistema de archivos.

Este mediodía intentaré probarlo como comentas, haciendo una referencia a un script en el rcS y en el script probar con diferentes tiempos de espera para ver si rula.

Saludos